В настоящее время ГБУЗ МО МОНИКИ представляет собой уникальный в России научно-лечебно-учебный комплекс, где работают 101 профессор и доктор наук, 300 кандидатов наук (среди них 4 академика и член-корреспондент АМН, 9 заслуженных деятелей науки, 13 лауреатов Государственной премии), а также около 1200 врачей (среди них 8 заслуженных врачей России, 150 с высшей и I категорией), 600 медицинских сестер. Штатное расписание института включает около 3300 сотрудников. Институт располагает собственным стационаром на 1205 коек (32 клиники), из них хирургического профиля 58%, терапевтического — 42%, детских — 19%.
Консультативную помощь больным по 40 медицинским профилям сотрудники ГБУЗ МО МОНИКИ осуществляют в поликлинике института, в других областных лечебных учреждениях, а также при плановых и экстренных выездах в ЛПУ Подмосковья (5 тысяч в год). Ежегодно консультируются 200 тысяч больных, из них около 20 тысяч с наиболее сложной патологией госпитализируются в клиники ГБУЗ МО МОНИКИ. Проводится около 10 тысяч операций в год.
Научный профиль ГБУЗ МО МОНИКИ включает следующие основные направления: разработка новых способов специализированного хирургического и терапевтического лечения (включая новые методы иммунокоррекции, лазерной медицины, детоксикации и др.) заболеваний пищеварительной системы, неспецифических заболеваний легких (в том числе профессиональной этиологии), сердечно-сосудистых, эндокринологических, неврологических, дерматологических заболеваний, патологии опорно-двигательного аппарата и лицевого скелета, мочевыделительной системы (включая трансплантацию почек, литотрипсию), заболеваний ЛОР-органов и органов зрения; разработка эффективных методов диагностики (в том числе лучевых, компьютерных, кристаллографических, лазерных и др.), рациональных форм диспансеризации больных.
ГБУЗ МО МОНИКИ — единственный в стране клинический НИИ, на базе которого впервые создан и успешно работает факультет усовершенствования врачей с 24 кафедрами и курсами, где ежегодно проходят профессиональную переподготовку около 400 врачей и повышают свою квалификацию более 3500 врачей Московской области.