В 1-ом отделении НИИ детских инфекций (дифференциально-диагностическом) принимают детей и взрослых со следующими диагнозами: ангины, инфекционный мононуклеоз, респираторные капельные инфекции, псведотуберкулез, гельминтозы, реакции на прививки, кишечный иерсиниоз, реконвалесценты нейроинфекций. 

2-е отделение НИИДИ специализируется на лечении врожденных и приобретенных заболеваний периферической и нервной системы инфекционного генеза. 

В 3-ем отделении (кишечных инфекций) проводят лечение детей от 1 м. до 18 лет, имеющих следующие заболевания: сальмонеллезы, шигеллезы, эшерихиозы, кампилобактериозы, стафилококковые и энтеровирусные диареи, псевтотуберкулез, лямблиоз, токсокароз, дифиллоботриоз. 

В 4-ом отделении (респираторных инфекций) осуществляют лечение таких заболеваний как: дифтерия, инфекционный мононуклеоз, острые респираторные вирусные инфекции, острый и хронический тонзиллит, малярия, эпидемический паротит, реакции на прививку, острый и хронический герпес. 

В 5-ом отделении (профилактики инфекционных болезней и иммунодефецитных состояний) осуществляют: консультирование, обследование, вакцинацию детей «групп риска», т. е. часто болеющих, с поражениями нервной системы, с аутоиммунными, эндокринными, почечными, онкологическими, гематологическими заболеваниями, а также ВИЧ-инфицированных). 

В 6-ом отделении (реанимации и интенсивной терапии) оказывают специализированную помощь детям, поступившим в критическом состоянии. 

В 7-ом отделении (вирусных гепатитов) проводят обследования и лечение детей, имеющих различные заболевания печени.