ЦНИИТ РАМН является крупным многопрофильным учреждением, основными задачами которого являются: выполнение научной, лечебно-диагностической и научно-организационной работы в области фтизиатрии и других заболеваний легких на основе современных достижений науки и техники, осуществление последипломной подготовки кадров через докторантуру, аспирантуру, ординатуру, а также повышение квалификации специалистов на базе постоянно действующего в институте Учебного центра.
Структура ЦНИИТ состоит из 9 научно-исследовательских отделов, 4 из которых имеют клинические отделения на 400 коек. На базе двух московских городских противотуберкулезных больниц (№ 7 и № 11) и городской клинической больницы № 11 созданы научные группы по изучению внелегочного туберкулеза (№ 7), туберкулеза, ассоциированного с ВИЧ-инфекцией (№ 11), научная группа по изучению сопутствующих заболеваний (больница № 11). Научная, лечебно-диагностическая и организационно-методическая деятельность института осуществляется по шести основным направлениям.