В клинической больнице им. Петра Великого оказывают квалифицированную помощь во многих областях медицины, эффективно сочетая передовые технологии и накопленный вековой опыт академии, научную деятельность и ежедневную практику. На базе клиник больницы развернуты и успешно функционируют специализированные центры следующих профилей: гепатологии, гастроэнтерологии, колопроктологии, микрохирургии глаза, реконструктивно-восстановительной хирургии желчных путей, лучевой диагностики, гравитационной хирургии крови и диализных методов лечения, малоивазивных и эндовидеохирургических методов лечения, протезирования крупных суставов и лечения остеомиелита, лечения бесплодия и гинекологических воспалительных заболеваний, сердечно-сосудистых заболеваний, мочекаменной болезни.