В стационаре №1 центра Пирогова оказывают медицинскую помощь по следующим профилям: абдоминальная хирургия, акушерство, ангиография, аллергология, восстановительное лечение, иммунология, гематология, гастроэнтерология, гинекология, кардиология, гнойная хирургия, неврология, маммология, онкология, нейрохирургия, ревматология, терапия, сердечно-сосудистая хирургия, ортопедия, урология, травматология, флебология, эндокринная хирургия, эндокринология. В стационаре №2 центра Пирогова оказывают медицинскую помощь по следующим профилям: аллергология, дерматология, отоларингология, иммунология, гастроэнтерология, кардиология, неврология, ревматология, терапия. Центр Пирогова СПб предлагает лечение широкого спектра заболеваний, в том числе: бронхиальной астмы, аллергического ринита и конъюнктивита, пищевой и лекарственной аллергии, дерматитов и дерматозов, грибковых заболеваний, вирусных инфекций, псориаза, хронического фурункулеза; отита, ларингита, фарингита, ринита, фронтита, гайморита, этмоидита, тугоухости, тонзиллита; дегенеративно-дистрофических заболеваний позвоночника, сосудистых заболеваний, последствий травм центральной и периферической нервной системы, заболеваний вегетативной нервной системы, головных болей различной этиологии; ишемической болезни сердца, гипертонической болезни, хронической сердечной недостаточности, нарушении сердечного ритма и проводимости, ситемного атеросклероза.