а если хламидии в глазах, может это как то сказаться на половых органах

Здравствуйте. Хламидии со слизистых глаз могут быть перенесены на слизистые половых органов и вызвать урогенитальный хламидиоз. Это может произойти через руки, если не помыть их после касания очага инфекции, через полотенца, при орально-генитальных контактах и т.д. хламидийная инфекция весьма серьезна и при выявлении её в любой локализации необходима полноценная терапия. Обратитесь к врачу очно с результатами обследований. По совокупности данных будет определена тактика и даны рекомендации по терапии.

Я имею ввиду если я схватил эту болячку глазами, по организму перейти может в уретру?

Здравствуйте.Вопрос не совсем понятен. Хламидийный конъюнктивит возникает, главным образом, на фоне урогенитального хламидиоза (уретрита, кольпита, цервицита),стало быть обследование положено проводить в полном объёме.Соответственно ,проводить терапию должны совместно уролог и офтальмолог.