Здравствуйте. Моему сыну 4 года, очень слабый иммунитет, часто болеет орви, переходящими в отиты, пропадает слух. Аденоиды удалили. Врач подозревал первичную циллиарную дискинезию. Мы сделали полное секвенирование экзома.
Результат: Варианты с неопределенной клинической значимостью, которые могут быть связаны с фенотипом пациента.

Ген: TNFRSF1A,

Положение в геноме (GRCh38/hg38)

Идентификатор варианта в dbSNP: chr12:6333469 rs104895278

Замена нуклеотида, состояние: c.370G>A гетерозигота

Замена аминокислоты: p.Val124Met

Транскрипт (RefSeq), No экзона: NM_001065.4 4 экзон

Частота аллеля, %: 0,005

Глубина прочтения, х: 80

Выявлен вариант нуклеотидной последовательности в 4 экзоне гена TNFRSF1A в гетерозиготном состоянии, приводящий к замене аминокислоты в 124 позиции белка. Мутации в гене TNFRSF1A в гетерозиготном состоянии описаны у пациентов с «Периодической семейной лихорадкой» (Periodic fever, familial; MIM# 142680), что предполагает доминантный тип наследования. Частота выявленного варианта нуклеотидной последовательности в контрольной выборке gnomAD составляет 0,005%. Вариант упоминается в научной литературе (см. ссылки), где указан как вариант с «неизвестным клиническим значением». Алгоритмы предсказания патогенности расценивают данный вариант как «вероятно патогенный» (CADD, Polyphen, Provean, SIFT4G, FAtHMM, LRT, Meta SVM, Meta LR, M-CAP, FAtHMM-MKL,SpliceAI, PhyloP) и «нейтральный» (Primate AI, FAtHMM-XF, AlphaMissense).
По совокупности сведений, выявленный вариант нуклеотидной последовательности следует расценивать как вариант с неопределенной клинической значимостью, который может иметь отношение к фенотипу пациента в случае получения дополнительных подтверждающих данных.
Cudrici, Cornelia et al. “Revisiting TNF Receptor-Associated Periodic Syndrome (TRAPS): Current Perspectives.” International journal of molecular sciences vol. 21,9 3263. 5 May. 2020, doi:10.3390/ijms21093263
Gaggiano, Carla et al. “Hints for Genetic and Clinical Differentiation of Adult-Onset Monogenic Autoinflammatory Diseases.” Mediators of inflammation vol. 2019 3293145. 31 Dec. 2019, doi:10.1155/2019/3293145
Базы данных болезней и клинической значимости вариантов нуклеотидной последовательности: OMIM, ClinVar.
Сервисы предсказания патогенности: CADD, Polyphen, Provean, SIFT4G, FAtHMM, LRT, Meta SVM, Meta LR, M- CAP, Primate AI, FAtHMM-MKL,SpliceAI, PhyloP, FAtHMM-XF, AlphaMissense.
Полученные результаты требуют проверки альтернативными методами (например, секвенированием по Сэнгеру), тщательного сопоставления с клиническими признаками и анализа происхождения выявленного варианта (унаследованный или появившийся de novo).

Мы с мужем и наши родители визуально не страдаем никакими генетическими болезнями и случаев подобных заболеваний в его и моем роду не припоминаем. Скажите, пожалуйста, о чем говорят результаты данного исследования? Какая тактика действий дальше? Спасибо

Здравствуйте. Четких данных, подтверждающих генетическую патологию не выявлено. Целесообразно рассмотреть вопрос о дообследовании. Посетите с результатами врача-генетика очно.
Так же важно укреплять иммунитет ребенка в целом для снижения восприимчивости к инфекциям.