Основным содержанием деятельности института является решение фундаментальных проблем в области эпидемиологии, медицинской и молекулярной микробиологии, инфекционной иммунологии. В этих исследованиях особое место занимают общие и частные закономерности распространения и эпидемического проявления инфекционных заболеваний; структура и динамика инфекционной патологии населения; возникновение, функционирование и эпидемическое проявление природных очагов болезней человека; генетика, молекулярная биология, экология и персистенция патогенных микроорганизмов; проблемы общей и инфекционной иммунологии, включая иммунорегуляцию и иммунокоррекцию, пути и средства диагностики и профилактики инфекционных болезней; биотехнология; нанотехнологии.
На базе института функционируют 9 Центров Минздрава России по бактериальным инфекциям (риккетсиозам, лептоспирозам, бруцеллезу, туляремии, легионеллезу, микоплазмозам, хламидиозам, клостридиозам, боррелиозам), большинство которых являются единственными в России специализированными медицинскими лабораториями соответствующего профиля.
В задачи и функции Центров входит:
• проведение анализа заболеваемости соответствующими инфекциями, прогнозирование эпидемиологической обстановки по стране в целом и по отдельным субъектам Российской Федерации;
• разработка и совершенствование новых методов диагностики и профилактики инфекций на основе достижений современной науки;
• разработка проектов нормативно-методических документов по вопросам эпидемиологии, организации противоэпидемических мероприятий и профилактики инфекций;
• оказание методической и практической помощи органам управления здравоохранением и учреждениям здравоохранения субъектов Российской Федерации, учреждениям госсанэпидслужбы в субъектах Российской Федерации, противочумным учреждениям России по вопросам борьбы и профилактики инфекций;
• проведение подготовки и повышения квалификации специалистов учреждений здравоохранения и госсанэпидслужбы в субъектах Российской Федерации по вопросам профилактики и лабораторной диагностики инфекций;
• организация и участие в съездах, конференциях, семинарах и симпозиумах по соответствующим проблемам.
Институт сохраняет мощный кадровый научный потенциал. В числе его сотрудников 3 академика РАН и 2 члена-корреспондента РАМН; профессоров - 34, докторов наук - 66, кандидатов наук - 149.