Иммунный ответ в норме развивается при попадании в организм чужеродных организмов, несущих свои антигены, или же ответ может возникнуть и на собственные антигены. Механизм защиты срабатывает в виде гуморального иммунитета (выработка антител) и клеточных реакций (например, фагоцитоз). Эти механизмы осуществляются иммунологическими/биохимическими реакциями, которые могут осуществляться параллельно.
Одной из теорий не возникновения аутоагрессии в норме, является наличие иммунологической толерантности (система самораспознавания). Нарушения в механизмах толерантности сопровождается появлением аутоиммунной агрессии. Изучается роль участия антиидиотипических аутоантител и других клеток иммунной системы. Антиидиотипические антитела являются, своего рода, имитаторами (аналогами) антигена.
В процессе изучения патогенеза аутоиммунных заболеваний выяснилось, что возможных причин несколько. К основным причинам, приводящих к возможному развитию патологических аутоиммунных процессов относят: наследственную предрасположенность, наличие мутаций в генах, контролирующих систему экспрессии аутоантигенов, нарушение «изоляции» некоторых клеток нашего организма, явление антигенной мимикрии, факторы химического (включая лекарственные средства) и физического воздействия, влияние вирусов и клеток бактерий.
Считается, что в развитии аутоиммунных заболеваний значительная роль принадлежит наследственной предрасположенности. Для многих аутоиммунных заболеваний обнаружена прямая связь с наследованием некоторых генов системы тканевой совместимости человека (HLA- Human Leucocyte Antigens). Например, при дерматомиозите, обнаруживается генотип HLA-DR3.
Одна из теорий возникновения аутоиммунных заболеваний и появления аутоантител базируется на том, что органоспецифические антитела (аутоантитела) могут образовываться на нормальные белки человека, которые в процессе развития существуют «изолированно» от клеток иммунной системы. Естественно, что понятие изолированности носит в определенной степени условный характер. При нарушении барьеров такие «скрытые» ткани/белки начинают распознаваться клетками иммунной системы хозяина как чужие, что сопровождается образованием антител против собственных структур клеток. К таким органам относят ткани глаза, яичка, щитовидной железы. Во многом такая точка зрения имеет право на существования. Однако, следует учитывать, что аутоантигены, все же, не в полной мере изолированы от циркулирующих в кровяном русле клеток иммунной системы.
Для уточнения механизмов патогенеза аутоиммунной патологии нужно принимать во внимание все возможные факторы, влияющие на работу иммунитета в целом, включая факторы окружающей среды.