Выявлен не описанный ранее как патогенный вариант нуклеотидной последовательности в
экзоне 4 гена HNRNPK (chr9:83977705A>C) в гетерозиготном состоянии, приводящий к
миссенс-замене (HGMD: NM_002140.5:c.140T>G, p.(Ile47Ser); MANE Select:
NM_031263.4:c.140T>G, p.(Ile47Ser)). Выявленный вариант нуклеотидной
последовательности не зарегистрирован в контрольной выборке Genome Aggregation
Database (gnomAD v3.1.2). Согласно базе данных gnomAD v4.1.0 ген HNRNPK обладает
сниженной толерантностью к миссенс-вариантам (Z-score = 3.3). Данный вариант
расположен в высококонсервативной точке (phyloP100 score: 8.942). Алгоритмы
предсказания влияния на сплайсинг mmsplice, squirls, spip оценивают данный вариант как
нейтральный. Алгоритмы предсказания патогенности миссенс-вариантов
fathmm_MKL_coding, M_CAP, PROVEAN, SIFT4G, SIFT, Polyphen2_HDIV, LRT, PrimateAI
оценивают данный вариант как вероятно патогенный, в то время как FATHMM,
Polyphen2_HVAR, MutationAssessor — как нейтральный. Комплексная оценка патогенности
мета-предикторами: MetaSVM — нейтральный, MetaLR — нейтральный. Варианты в
гене HNRNPK в гетерозиготном состоянии описаны у пациентов с Au-Kline syndrome
(OMIM: 616580). Для данного синдрома характерна клиническая вариабельность [12].
Глубина покрытия точки х31. По совокупности сведений данный вариант следует
расценивать как вариант неопределенного клинического значения, который, тем не
менее, может иметь отношение к фенотипу пациента в случае получения дополнительных
подтверждающих данных. Требуется тщательное сопоставление варианта с клиническими проявлениями пациента. Расшифруйте пожалуйста