Только все попривыкли к дельта-варианту коронавируса SARS-CoV-2, только более-менее уверовали в эффективность имеющихся вакцин, только было начали поговаривать о том, что вот-вот ученые адаптируют их под «дельту», как появились данные о новой разновидности коронавируса – AY.4.2. Как всегда, говорят, что он более заразный и более смертоносный, а значит нам еще очень далеко до конца пандемии.
MedAboutMe выяснял, надо ли начинать беспокоиться по поводу AY.4.2?
AY.4.2 – новый вариант коронавируса SARS-CoV-2
Что же такое AY.4.2, он же – «дельта-плюс»? Это разновидность дельта-варианта коронавируса SARS-CoV-2, имеющего полное название В.1.617.2. Он был обнаружен впервые в Великобритании в июне. А в конце сентября там же доля AY.4.2 среди всех выявленных генетических последовательностей составляла 6%.
Всего данная линия вируса имеет три мутации, отличающие его от дельты. А свое название вирус AY.4.2 получил благодаря двум мутациям в S-белке: Y145H и A222V. Но об этих мутациях было известно и раньше, в конце концов на данный момент известно о 45 геновариантах «дельты», в которых мелькали и эти изменения. И до появления AY.4.2 ВОЗ вовсе не считала вирусы с такими мутациями «вариантами, вызывающими опасения». Однако AY.4.2, по предварительным оценкам британских ученых, на 10-15% заразнее привычной нам «дельты».
Для сравнения: альфа- и дельта-варианты SARS-CoV-2 заразнее исходного уханьского варианта на 60%.
К середине октября о выявлении данного варианта коронавируса сообщили Израиль, США, Канада, Япония и др. На конец октября AY.4.2 обнаружили у себя 42 страны мира.
В Дании наблюдался резкий скачок встречаемости AY.4.2 до 1 из 50 случаев COVID-19, но этот показатель быстро снизился до 1 из 100 случаев заражения коронавируса.
В России о первых пяти случаях AY.4.2 представители Роспотребнадзора сообщили конце октября. Трое пациентов с этим вариантом были выявлены в Москве и Подмосковье, а еще два – в Татарстане.
На 1 ноября Роспотребнадзор сообщил, что в нашей стране этот геновариант пока практически не распространяется и по-прежнему известно лишь об отдельных случаях заражения им.
Как мутации Y145H и A222V изменили коронавирус?
Как было сказано выше, вариант AY.4.2 получил преимущество за счет мутаций Y145H и A222V в S-белке коронавируса. Обе они находятся в NTD-домене Spike-белка. Однако ни одна из них не затрагивает RBD-домен, который тоже является частью S-белка и связывается с ACE2-рецептором на клетках человека.
Как устроен S-белок коронавируса SARS-CoV-2?
По данным, опубликованным в журнале Nature за март 2020 года, Spike-белок – это тример, то есть он состоит из трех белков-мономеров. Каждый мономер содержит две субъединицы: S1 и S2, обеспечивающие связывание вируса с клеткой и слияние их мембран.
N- и C-концевые области S1-субъединицы – это отдельные домены, которые сворачиваются в нужную форму независимо друг от друга. Они называются NTD- и CTD-домены. У большинства коронавирусов для связывания с рецепторами клеток человека (ACE2) вирус использует CTD-домен, то есть именно он является RBD — рецептор-связывающим доменом.
Мутация A222V ранее была обнаружена у варианта B.1.177, впервые выявленном в Испании и распространившемся по другим странам мира. Впрочем особого распространения данный вариант вируса не получил.
Мутация Y145H более интересна: она немного меняет форму участка связывания S-белка с антителами и тем самым осложняет этот процесс. То есть, эта мутация делает AY.4.2 более устойчивым к вакцинам. Но пока незначительно.
Это значит, что данные мутации вряд ли сильно увеличат трансмиссивность вируса – его способность к распространению. Также эти мутации практически не дают вирусу дополнительные возможности для уклонения от контактов с антителами.
По расчетам французских ученых, даже если новый вариант вируса заразнее предыдущей версии на 10% и, предположим, присутствует уже у 10% населения, это увеличивает число случаев только на 1% за 5 дней. Поэтому AY.4.2 никак не может привести к резкому росту заболеваемости.
Впрочем, вирус может вызвать всплеск заболеваемости, если окажется в нужное время и в нужном месте – например, у посетителя крупного спортивного мероприятия или у участника не менее крупной международной конференции и т. п.
Надо ли опасаться «дельты-плюс»?
По мнению ученых, AY – это эволюционный шаг вируса вперед. На данный момент идентифицировано 75 линий AY, каждая из которые имеет свои нюансы в геноме. И все они остаются дочерними линиями дельта-варианта. На конец октября 2021 года 63% новых случаев в Великобритании были вызваны вирусами из группы AY.4.
Определяющей для вирусов из группы AY.4 была мутация A1711V, которая влияет на белок коронавируса Nsp3, выполняющий функции ферментов протеазы и АДФ-рибоза-1-фосфатазы. А это значит, что он необходим для репликации (размножения) вируса. Но дальнейшее ее влияние на эволюцию вируса неизвестно. А на смену ей пришли обсуждаемые выше мутации Y145H и A222V, которые изменили S-белок и незначительно повысили способность вируса к распространению. Сейчас ученые считают, что ключевую роль сыграла мутация Y145H.
При этом исследователи до сих пор не уверены, что мутации AY дают реальное преимущество вариантам вируса, обладающим ими. Возможно, увеличение заболеваемости на фоне роста частоты заболеваемости этими вариантами является всего лишь «эффектом основателя».
Как объясняют ученые из США и Швеции в статье в журнале JAMA Network, опубликованной в январе 2021 года, эффект основателя – это ситуация, когда при основании новой популяции малым числом вирусных частиц мутации вирусов-предков будут преобладать, даже если они мало влияют на приспособленность самого вируса.
Выводы
Похоже, что паниковать опять рано. Вариант «дельта-плюс», он же AY.4.2, все еще не обладает ни суперзаразностью, ни суперустойчивостью к антителам. Это просто еще один из многочисленных вариантов пандемического коронавируса, с которым мы так близко познакомились. Не он первый, не он и последний.
Использованы фотоматериалы Shutterstoc
