Ученые из University of Utah (США) и Institute for Computational Science and Technology (Вьетнам) разработали приложение для смартфона, которое позволяет любому человеку на Земле включиться в поиск лекарства от COVID-19.
Процесс поиска и тестирования новых лекарств – это очень дорогостоящий и длительный процесс. На его первых этапах идет идентификация мишени для лекарственного препарата. В данном случае мишенью является фермент протеаза коронавируса SARS-CoV-2. Ученые ищут молекулы, которые могут связываться с этим ферментов и тем самым блокировать размножение вируса.
Чтобы ускорить процесс поиска подходящих молекул, ученые разработали доступное для любого желающего приложение ViDok. Схема действий очень проста: пользователь выбирает молекулу из встроенной библиотеки соединений, которые скорее всего будут связываться с коронавирусом, и проверяет затраты энергии на взаимодействие этой молекулы с протеазой SARS-CoV-2 – так называемая энергия связывания. Пользователь может изменить структуру молекулы и снова проверить энергию связывания. Чем меньше этот показатель, тем лучше, то есть тем легче молекула связывается с белком коронавируса. Обработка данных проводится в U's Center for High Performance Computing.
Разработчики приложения надеются, что «дух дружеского соревнования» приведет к новым открытиям. Приложение было протестировано на вьетнамских пользователях. В результате из 200 лучших молекул, отобранных из 2,5 тысячи веществ-кандидатов на лекарство от COVID-19, только 5 оказались исходными веществами, а 195 – это результат работы пользователей.
Исследователи объясняют, что в конце концов они должны получить список наиболее подходящих соединений, которые можно уже будет синтезировать в лаборатории и исследовать как лекарство от COVID-19. Приложение позволяет значительно ускорить начальный этап поиска.
